Mutasjoner: Påvisning av SARS-CoV-2 virusvarianter

Fürst Medisinsk Laboratorium benytter en real-time PCR metode (RT-PCR) for påvisning av SARS-CoV-2.

Mutasjoner oppstår kontinuerlig i et RNA-virus som formerer seg og i Covid-19 pandemien kjenner vi til mange tusen varianter av SARS-CoV-2. Tre SARS-CoV-2-varianter har betydning så langt og disse bør overvåkes. Fürst kan nå påvise disse tre variantene:

• «Britisk variant» 501Y.V1. Mutasjonen N501Y gir endringer i reseptor-bindende domene i spike glykoproteinet med mulig økt smittsomhet og mulig alvorligere sykdom.
• «Sør-Afrikansk variant» 501Y.V2. Tre mutasjoner (N501Y, K417N, E484K) i reseptor-bindende domene i spike glykoproteinet med mulig økt smittsomhet og mulig redusert vaksine-respons.
• «Brasiliansk variant» 501Y.V3 har 17 aminosyre forandringer hvorav 10 i spike glykoproteinet (inkluder N501Y og E484K) med mulig økt smittsomhet og mulig redusert vaksinerespons.

Ved Fürst Medisinsk Laboratorium er det utviklet en multipleks PCR som kan skille mellom de tre variantene på prøver som er positive på SARS-CoV-2 i primærtest.

Ved positiv primærtest vil det sendes ut et midlertidig svar til rekvirerende lege, pasient (via www.furstpasient.no), kommunelege og FHI. Etter at prøven er testet på de tre variantene gis det ut endelig svar med informasjon om det er påvist en mutasjon eller ikke, samt hvilken mutasjon som er påvist. Det endelige svaret sendes rekvirent, pasient (via www.furstpasient.no), kommunelege og FHI.

Figur SARS-CoV-2 oppbygging
S: glykoprotein spikes.
M: membran protein.
N: nucleokapsid protein.
E: kappe protein.
RNA: genom innesluttet i N protein